Федеральное государственное бюджетное учреждение науки Институт мониторинга климатических и экологических систем Сибирского отделения Российской академии наук (ИМКЭС СО РАН), переименованный в 2003 году из Института оптического мониторинга при включении в свой состав Томского филиала Института леса СО РАН, был основан в 1972 году с первоначальным названием СКБ научного приборостроения «Оптика».

Институт является структурным звеном Российской академии наук (РАН) и входит в состав организаций, объединяемых Учреждением Российской ака­демии наук Сибирским отделением РАН (СО РАН). Институт расположен на территории Учреждения Российской академии наук Томского научного центра Сибирского отделения РАН.

Научно-методическое руководство Институтом осуществляют Отделение наук о Земле Российской академии наук совместно с Президиумом СО РАН. Объединенный ученый совет наук о Земле СО РАН, Объединенный ученый совет по физическим наукам СО РАН и Объединенный ученый совет по биологическим наукам СО РАН осуществляют координацию научной деятельности Института.